Первое упоминание в русских летописях - 1096 г . В середине XVI в. после успешного похода Ивана IV Грозного на Казань, в Муроме воздвигли ряд каменных храмов, в том числе Спасо-Преображенский собор (точная дата постройки не известна, предположительно – 1554 г .). Внутри обители стоял каменный пятиглавый Спасо-Преображенский собор, каменная теплая, т.е. отапливаемая зимой, Покровская церковь, над святыми вратами возвышалась каменная церковь Кирилла Белозерского. В 1636 г . в монастыре проживало 28 монахов.
В конце 1680-х гг. на средства митрополита Сарского и Подонского Варсанофия возводится Покровская церковь и каменный 2-х этажный настоятельский корпус - первая каменная гражданская постройка Мурома.
В 1757 г . на средства муромского купца Павла Петровича Самарина была построена каменная трехъярусная колокольня с восьмигранный шатром.
В 1807-1810 гг. вокруг монастыря сооружена каменная ограда. В 1891 г . возведен каменный трехэтажный братский корпус с домовой церковью в честь «Семи мучеников Херсонесских».
В декабре 1907 г . в Спасском монастыре открыли вторую викарную кафедру и учредили епископства. Первым епископом Муромским стал Евгений (Мерцалов).
Монастырь закрыли в 1918 г . по обвинению в вооруженном восстании и в заговоре против советской власти. В 1925 г . церковное имущество бывшего Спасского монастыря передано Муромскому музею. В 1930-е гг. монастырь занят военным ведомством. В эти же годы уничтожен древнейший некрополь Спасского монастыря.
Весной 1995 г . воинская часть № 22165 покинула помещения Спасского монастыря. 23 апреля - в день Воскресения Христово - состоялось торжественное освящение его территории.
В настоящее время при активной поддержке администрации округа Муром проводятся интенсивные работы по восстановлению древней обители. Решением Председателя Счетной Палаты РФ С.В. Степашина в 2004 г . создан Попечительский Совет по воссозданию Спасо-Преображенского мужского монастыря. Председателем Совета выбран Аудитор Счетной Палаты С.Н. Рябухин. В монастырь проведен газ, произведена комплектация пекарни оборудованием для выпечки монастырского хлеба; восстановлена ограда монастыря с надвратной церковью Кирилла Белозерского; сооружен храм Сергия Радонежского; отремонтирован и восстановлен Братский корпус; воздвигнута часовня в честь св. Георгия Победоносца – покровителя российского воинства.
Монастырем ведется активная духовно-просветительская работа. 29 сентября 2003 г . в стенах обители начало функционировать Муромское православное духовное училище им. Святейшего патриарха Пимена. 25 апреля 2006 г. наместник монастыря игумен Кирилл (Епифанов) передал в воинский храм 46-й бригаде внутренних войск в Чеченской республике образ св. прп. Илии Муромца; 23 мая 2006 г . на территории обители состоялось освящение креста и мемориальной доски в память десятилетия мученической кончины Евгения Родионова, погибшего на Северном Кавказе.
Более подробную информацию о Муромском Спасо-Преображенском мужском монастыре можно найти на официальном сайте обители www.svyto.ru